1세대 1주택 장기보유특별공제 계산법｜전체 양도차익에 80% 공제? 아닙니다

“1세대 1주택이면 장기보유특별공제를 최대 80% 받을 수 있다”는 설명은 맞지만, 고가주택에서 80%를 무엇에 곱하는지는 자주 잘못 이해됩니다. 양도차익이 20억원이라고 해서 20억원 전체에 80%를 곱하는 방식이 아닙니다.

2026년 8월 26일 정부 보도설명자료는 1세대 1주택 고가주택의 장기보유특별공제액은 전체 양도차익이 아니라 12억원 비과세 상당액을 제외한 과세대상 양도차익을 기준으로 계산한다고 설명했습니다.

고가 1주택의 계산은 두 단계로 나뉜다

첫 번째 단계는 전체 양도차익을 구하는 것입니다.

전체 양도차익 = 양도가액 - 취득가액 - 필요경비

두 번째 단계는 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 양도가액 12억원 초과 주택의 과세대상 양도차익을 계산하는 것입니다.

과세대상 양도차익 = 전체 양도차익 × (양도가액 - 12억원) ÷ 양도가액

장기보유특별공제는 이렇게 계산된 과세대상 양도차익에 실제 공제율을 곱합니다.

장기보유특별공제액 = 과세대상 양도차익 × 공제율

정부 설명자료의 사례는 10억원에 취득한 주택을 10년 동안 보유하고 거주한 뒤 30억원에 양도하는 경우입니다. 필요경비를 별도로 반영하지 않은 단순 사례이므로 전체 양도차익은 20억원입니다.

여기서 20억원에 80%를 바로 곱하면 16억원이 나오지만 실제 계산은 다릅니다.

과세대상 양도차익 = 20억원 × (30억원 - 12억원) ÷ 30억원 = 12억원

10년 이상 보유하고 10년 이상 거주해 최대 80% 공제율을 적용받는다고 가정하면 장기보유특별공제액은 9억6천만원입니다.

12억원 × 80% = 9억6천만원

따라서 전체 양도차익의 80%를 공제한다고 이해하면 실제 공제액을 크게 잘못 계산할 수 있습니다.

1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 주택은 양도가액 12억원 이하에 해당하는 부분이 비과세됩니다. 12억원을 초과하는 고가주택은 전체 양도차익을 모두 과세하지 않고, 양도가액 가운데 12억원을 초과하는 비율에 대응하는 양도차익만 과세대상으로 계산합니다.

이 때문에 고가주택의 장기보유특별공제도 과세대상 양도차익을 기준으로 계산하게 됩니다.

현행 제도에서 일정 요건을 갖춘 1세대 1주택은 보유기간과 거주기간을 나누어 공제율을 계산합니다. 10년 이상 보유하면 보유기간 공제율 최대 40%, 10년 이상 거주하면 거주기간 공제율 최대 40%가 적용되어 합계 최대 80%가 가능합니다.

그러나 보유기간이 10년이라는 사실만으로 80%가 자동 적용되는 것은 아닙니다. 거주기간과 비과세 요건, 취득 당시 규제지역 여부, 상생임대주택 등 별도 특례를 함께 확인해야 실제 공제율을 판단할 수 있습니다.

2026년 8월 현재는 아닙니다. 정부의 소득세법 일부개정법률안은 입법예고 단계입니다.

개정안에는 2027년을 유예기간으로 두고 2028년부터 주택 장기보유특별공제를 장기거주 소득공제로 단계적으로 전환하며, 공제금액 한도를 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원으로 적용하는 내용이 포함되어 있습니다.

따라서 현행 계산법을 설명할 때 미래 개정안의 10억원 한도를 이미 시행 중인 규정처럼 표현해서는 안 됩니다.

과세대상 양도차익에서 장기보유특별공제액을 빼면 양도소득금액이 됩니다. 여기에서 양도소득 기본공제 등을 반영해 과세표준을 계산하고 해당 세율을 적용해야 산출세액을 구할 수 있습니다.

즉 장기보유특별공제액만 계산했다고 최종 양도소득세가 확정되는 것은 아닙니다.

1세대 1주택 장기보유특별공제에서 기억해야 할 문장은 간단합니다. 전체 양도차익에 80%를 곱하는 것이 아니라 과세대상 양도차익에 실제 적용 공제율을 곱한다는 것입니다.

고가주택을 양도할 계획이라면 12억원 초과분 계산, 필요경비, 보유기간과 거주기간을 먼저 정리한 뒤 예상세액을 계산하세요. 금액이 크거나 특례가 얽혀 있다면 실제 계약 전에 세무전문가와 개별 사실관계를 확인하는 것이 안전합니다.